05 Juin Le microbiote buccal – Chapitre 10
Les connaissances sur le microbiote buccal ont connu de grandes avancées récentes, grâce à des révolutions techniques et scientifiques. Nous finissons cette chronique sur le microbiote buccal par un article sur les tests microbiens, dont on pourrait penser, à la lecture des 9 premiers chapitres, qu’ils allaient révolutionner la pratique clinique courante. Il n’en est rien, voilà pourquoi.
Chapitre 10 : les tests microbiotes
Principalement tiré de l’article de Geneviève Héry-Arnaud, enseignante chercheuse en bactériologie à l’Université de Brest, paru dans le journal Science et Pseudosciences n°343 de janvier / mars 2023.
Les tests microbiens sont utilisés depuis longtemps en parodontologie. Ils sont basés sur les concepts microbiologiques de Socranski des années 90, classant les bactéries buccales en complexes : rouge pour les bactéries les plus agressives, oranges pour les bactéries moins agressives, et vert pour les bactéries compatibles avec la santé parodontale. Ces tests étaient notamment utilisés en clinique lorsque le traitement habituel de la parodontite ne donnait pas les résultats escomptés. On parlait alors de parodontite réfractaire au traitement.
Nous avons vu dans le chapitre 5 que le modèle de Socransky n’était pas faux, mais qu’il était désormais très incomplet. Les nouvelles connaissances sur le microbiote que nous avons discutées dans cette chronique sont venues compléter le modèle physiopathologique, c’est-à-dire le mécanisme selon lequel la parodontite détruit les gencives. Il n’y a donc pas ou peu de nouveautés dans les tests basés sur le modèle de Socransky, et les conclusions de la revue systématique avec méta-analyse (article scientifique de haut niveau de preuve) de Listgarten et collaborateurs de 2003 sont toujours d’actualité.
Les conclusions de 2003 sur les tests microbiens en parodontie étaient les suivantes :
- Les tests microbiens pourraient être utiles en clinique pour les patients qui ne répondent pas bien au traitement.
- Bien que certains praticiens considèrent les tests microbiens utiles pour leur pratique clinique, les preuves scientifiques solides de leur efficacité font défaut.
- Des recherches additionnelles sont nécessaires.
(Listagrten & Loomer 2003. Microbial identification in the management of periodontal diseases. A systematic review. Periodontol. 2003 Dec;8(1):182-92.)
Comme nous l’avons vu dans les 9 premiers chapitres, les nouvelles recherches, et surtout de nouvelles découvertes ont eu lieu. Mais pour l’heure, aucune application clinique directe, et encore moins de test microbien n’a un intérêt clinique ou thérapeutique. Geneviève Héry-Arnaud l’explique très bien dans un article paru dans la revue science et pseudosciences, à propos du microbiote intestinal et des tests microbiens pratiqués sur les selles, mais nous allons voir que ses mises en garde sont tout à fait valables pour le microbiote buccal.
En médecine, corrélation n’est pas causalité
La seule présence d’une bactérie impliquée dans une maladie n’explique pas la maladie. C’est particulièrement vrai pour la parodontite, qui est une dysbiose du microbiote buccal, mais en aucun cas une maladie infectieuse à bactérie exogène. On peut donc détecter des bactéries agressives pour les gencives en état de santé parodontale. En revanche, la détection de bactéries potentiellement agressives, et connues comme étant associées à une pathologie, peuvent être utiles pour mettre en place des stratégies de prévention.
Les tests bactériens sont des examens complémentaires qui complètent l’examen clinique
Mais en aucun cas l’inverse. La démarche diagnostique est une démarche complexe, qui implique de respecter un protocole : un diagnostic débute par l’anamnèse (c’est-à-dire l’écoute du patient et de ce qu’il ressent de sa maladie), continue par l’examen clinique (l’examination du malade à l’œil, à la palpation et avec des instruments comme une sonde parodontale), et se poursuit si nécessaire avec des examens complémentaires, dont les radios qui sont les plus fréquents. Faire une radio avant l’examen clinique est une erreur médicale aujourd’hui bien identifiée des praticiens et des patients. De même, réaliser un test bactérien à distance, par internet par exemple, donne des résultats très difficiles à interpréter en l’absence d’examen clinique.
Les tests bactériens ne sont pas comparables aux analyses de sang
L’engouement récent pour le microbiote, des scientifiques mais aussi du grand public, ne saurait faire oublier que notre connaissance de celui-ci reste extrêmement parcellaire. L’émergence des tests microbiens a pu laisser penser qu’ils permettraient de donner des résultats aussi facilement interprétables que ceux d’une analyse de sang. Mais les lacunes à combler pour rendre les tests microbiens aussi fiables que les analyses de sang sont très importantes. Ceci probablement à cause de la complexité des phénomènes biologiques à l’œuvre dans l’équilibre d’un microbiote, et dans les relations qu’il entretient avec son hôte.
Il n’existe aujourd’hui pas de définition du microbiote sain
Décider de thérapies à partir de la composition d’un microbiote nécessiterait de savoir ce qu’est un microbiote sain. Nous avons vu que la traduction des concepts de santé et de pathologie en matière de microbiote ne se limitait pas à la présence ou à l’absence de certaines bactéries, mais incluait au minimum leur distribution et leur répartition spatiale, voire leurs interactions entre elles (voir chapitre 4). De même, la dysbiose (terme désignant la maladie en termes de microbiote) reste aujourd’hui un concept extrêmement vague. Ainsi, nul test bactérien n’est aujourd’hui seulement capable de définir la santé ou la maladie, donc encore moins de définir un traitement.
Les microbiotes sont très différents d’une région du globe à l’autre
Une étude chinoise sur 7000 patients de 14 districts différents a montré que le facteur qui impactait le plus la composition du microbiote était l’origine géographique, et non l’état de santé ou de maladie du porteur du microbiote. Ainsi, l’absence de pondération par l’origine géographique des tests microbiens invalident leur pertinence scientifique.
Le niveau de résolution des tests actuellement disponibles est insuffisant
Les tests bactériens disponibles permettent d’identifier des genres bactériens pour les moins précis (par exemple Staphylocoque), l’espèce bactérienne (par exemple Staphylocoque Doré) ou la souche bactérienne (Staphylocoque Doré producteur d’entérotoxines) pour les plus précis. Or les plus précis, recourant à une métagénomique précise appelée « shotgun » restent une technique très couteuse et très peu répandue. Réaliser un test peu précis comme la plupart de ceux qui sont disponibles ne sert donc malheureusement pas à grand-chose.
Les thérapies par inoculation de bactéries ne bénéficient pas de preuves scientifiques à ce jour
Nous avons vu cela dans le chapitre résilience du microbiote (chapitre 6). Le microbiote buccal a une grande expérience des interactions avec le milieu extérieur, et est très résistant à toute tentative de changement de sa composition. Les problématiques de concurrence entre espèces empêchent aujourd’hui de développer un probiotique efficace contre les maladies parodontales
Conclusions
Ainsi, les impressionnantes découvertes sur le microbiote décrites dans les 9 précédents chapitres ont ouvert d’importants espoirs sur les tests microbiens. Pourtant les raisons qui font de cette stratégie médicale une mauvaise option sont nombreuses. Il est donc pour l’heure déconseillé de recourir à ces tests, sauf avis médical exceptionnel.
Geneviève Héry-Arnaud suggère que la solution pourrait venir d’une définition non pas génétique des bactéries mais fonctionnelle. En effet, les types de bactéries sont très nombreux, et les compositions des microbiotes d’un individu à l’autre sont extrêmement variables, à tel point que la signature génétique d’un individu est aussi précise que son empreinte ADN (voir chapitre 1). En revanche, les fonctions des microbiotes sont voisines, car différents types de bactéries assurent les mêmes fonctions. Établir une classification fonctionnelle des bactéries ouvrirait probablement des possibilités diagnostiques et thérapeutiques plus efficaces que la classification génétique actuelle.
L’auteure rappelle en conclusion à quel point la recherche sur le microbiote est embryonnaire. Et souligne que la responsabilité des professionnels de santé est aujourd’hui plus de rappeler combien les essais cliniques de bonne qualité sont nécessaires que de proposer aux patients des solutions qui n’ont pas fait leurs preuves.